保東是個舊地名，區域含括現在的新化鎮山腳里、關廟鄉埤頭村、下湖村。埤頭社區位於關廟鄉北邊村落，民風純樸，居民以種鳳梨為生，對外以關廟陸軍山鳳梨著稱，遠近馳名。
本校於民國十一年四月一日創立關廟公學校埤子頭分教場 民國三十五年二月一日改稱為關廟鄉第三國民小學 民國三十六年二月十四日改稱關廟鄉保東國民小學 民國五十七年八月一日改稱為台南縣關廟鄉保東國民小學 民國九十九年十二月二十五日改稱為臺南市關廟區保東國民小學
